Zavedati se moramo, da pri vsakem posegu v splošni anesteziji obstaja tveganje, povezano z anestezijskimi zapleti, krvavitvami ali postoperativnimi komplikacijami. Tveganje vedno poskušamo zmanjšati na minimum, zato se pred vsakim posegom opravi klinični pregled psa ali mačke; glede na pasmo, starost in dosedanje bolezni pa tudi krvna diagnostika, po potrebi tudi dodatne diagnostične preiskave . S tem dobimo širši vpogled v zdravstveno stanje pacienta, čemur prilagodimo anestezijski protokol in sam postopek operacije. Ker se sterilizacije in kastracije običajno opravljajo pri mladih in zdravih živalih, ter ob pravilni izbiri anestezijskega protokola , monitoringu med in po posegu, je realno gledano tveganje majhno.
Lahko se zgodi, da zaradi prekomerne aktivnosti šivi počijo, ali pa si jih ljubljenčki razgrizejo , pride lahko do dehiscence in vnetja rane. Na srečo tovrstni zapleti niso življenjsko ogrožajoči in se jih da hitro rešiti. Dolgoročnih zapletov po operaciji ne pričakujemo. Tako pri samcih kot pri samicah po posegu zaradi spremenjenega hormonskega stanja pride do upočasnjenega metabolizma, ki lahko vodi v debelost. Pri samicah, sploh večjih pasem, pa lahko pride do urinske inkontinence (zmanjšana sposobnost zadrževanja urina), ki se jo sicer da ustrezno zdraviti z zdravili. Statistično se urinska inkontinenca po sterilizaciji pojavlja pri okvirno 10% psic. Omenjena pojava sta tako rekoč edina nezaželena učinka sterilizacije, ki ju v praksi opažamo.
